Die Neuköllner Oper wurde 1977 von dem Komponisten und Kirchenmusiker Winfried Radeke gegründet. Bis 1981 probte und spielte Radeke mit seiner freien Musiktheatergruppe in verschiedenen Kirchen, seit 1981 dann in einer Fabriketage und wechselweise auf verschiedenen Theaterbühnen. Sowohl die Gründung durch einen Künstler und nicht etwa durch ein Staatsorgan als auch die fahrende Proben- und Spielpraxis stecken dem freigeistigen, flexiblen und offenen Haus bis heute in den Genen.
1988 bekam die Neuköllner Oper mit dem Ballsaal der Passage Neukölln ein eigenes Theater mit 200 Plätzen im Saal und bis zu 50 im Studio. 1996 holte Winfried Radeke den Regisseur und Autor Peter Lund in die künstlerische Leitung. Mit Werken wie Das Wunder von Neukölln, Babytalk, Elternabend oder Stella machte dieser das Haus auch international bekannt als Trendsetter im Bereich des neuen deutschen Musicals.
Nachfolger von Peter Lund wurde 2004 der Dramaturg und Autor Bernhard Glocksin, der sich für die Öffnung zu weiteren Spielweisen, eine radikale Befragung des Opernrepertoires, die Zusammenarbeit mit freien Ensembles wie dem STEGREIForchester, dem VKKO und dem Trickster Orchestra sowie eine internationale Ausrichtung des Hauses einsetzte.
Mit Beginn der Spielzeit 2025/ 26 hat Rainer Simon die künstlerische Leitung übernommen. Programmatisch knüpft er vor allem an die sinnliche, zugängliche und niedrigschwellige Tradition der Neuköllner Oper an, indem er die zeitgenössische Popkultur und deren verschiedene Spielarten in den Fokus nimmt. Zugleich versucht er, den künstlerischen Austausch mit den verschiedenen Communities im Nord-Neuköllner Kiez zu intensivieren.
Rainer Simon leitet die Neuköllner Oper gemeinsam mit Andreas Altenhof und Marta Hewelt.